Fakulta veterinární hygieny a ekologie je v současnosti realizovaným studijním programem Veterinární hygiena a ekologie tradicí spjata s problematikou hygieny a technologie potravin a tento program je začleněn mezi univerzitní obory s mezinárodní kontrolou kvality vzdělávání v souladu s požadavky danými směrnicí 36/2005/EC, o uznávání odborných kvalifikací. Již první evaluace v roce 1995, kterou fakulta absolvovala v rámci mezinárodního posouzení úrovně výuky Evropskou asociací veterinárních fakult (European Association of Establishmenst for Veterinary Education - EAEVE), ocenila výuku na fakultě a konstatovala, že veterinární vzdělávání v oblasti veterinární hygieny je jedním z nejlepších, které jsou nabízeny studentům v kterékoli evropské veterinární škole.